肛裂多发生于肛门后位，主要是由于外括约肌浅层在肛管前后方各形成“Y”形薄弱区，耻骨直肠肌又加强肛管两侧的力量。因此肛门后部及前部不如两侧坚强。肛管向下后与直肠后壁形成一角度。排便时，干燥的粪便对肛门后方薄弱区的压力更大，又因肛管之后中线血运差，弹力较少，故造成肛门后方易受伤撕裂。
以上就是肛裂裂口的位置常发生于后方的原因。肛管局部皮肤抵抗力差则是肛裂发作的内因，导致肛管局部皮肤抵抗力差的原因：比如睡眠不足;吃辛辣和油炸的食物;天气干燥等因素都会导致肛管局部皮肤抵抗力下降，即使大便不太干燥，也会发生肛裂。
另外，便秘还容易引发肛管上端局部产生感染和炎症。其原理是肛管上端齿线处的特殊结构如肛窦、肛门瓣、肛乳头、肛腺等，容易被干硬的粪团下移时所损伤，使局部产生感染和炎症，或导致肛腺阻塞化脓，溃破后形成肛裂，由于局部炎症刺激，括约肌痉挛，血液供应不足，伤口久不愈合，形成慢性溃疡。
