十二指肠溃疡是因为属于攻击因子的胃酸分泌增加所引起。大多数的十二指肠溃疡都发生在十二指肠入口处的十二指肠球部。这个部位容易暴露在胃部流过来的胃酸中，黏膜容易受伤。
当身心承受强大的压力时，胃酸分泌将会增加，十二指肠球部的黏膜将会溃烂，演变成“糜烂”的状态。通常只要过一段时间，糜烂就会自然，但是如果反生糜烂，十二指肠球部的黏膜将会变性为类似胃黏膜的“胃上皮化生”组织。而这里如果感染了幽门螺旋杆菌，将会导致黏膜的防御功能降低，使得糜烂进一步发展，形成溃疡。
不管是胃溃疡还是十二指肠溃疡，当溃疡加深时，都可能突破胃壁或肠壁(穿孔)，形成破洞，食物将从胃肠流入腹腔，引起急性腹膜炎。 一旦变成急性腹膜炎，很容易引发休克症状。患者将表现出脸色苍白、出冷汗、血压下降，陷入呼吸困难或意识障碍状态。如果在数小时之内没有动手术阻塞破洞，将会危及生命。
